Los humedales de la Reserva Natural Villavicencio albergan una biodiversidad significativa, con un inventario que identificó más de 100 especies de plantas y una variedad considerable de fauna asociada. Estas áreas registradas, que varían en tamaño desde menos de una hectárea hasta algo más de una, son ecosistemas vitales pero enfrentan desafíos importantes debido a disturbios ambientales y humanos.
El relevamiento realizado en 2022 destacó la presencia de 105 especies vegetales, mayoritariamente propias de ambientes húmedos, junto con especies características de zonas de estepa y ecotonos riparios. Sin embargo, la invasión de plantas exóticas afecta la composición original: se detectaron 22 especies no nativas, equivalentes a casi una cuarta parte del total. Entre ellas, la rosa mosqueta es una de las más frecuentes, presionando la vegetación autóctona y alterando el equilibrio ecológico.
La conservación de estos humedales refleja un proceso de deterioro prolongado, resultado de intervenciones humanas históricas que han potenciado fenómenos naturales como avenidas y aluviones que modifican la superficie del suelo. Aunque estos impactos han generado erosión y pérdida de cobertura vegetal, desde la declaración de la reserva protegida se han observado señales de recuperación gradual. Distintos sectores muestran condiciones variadas; por ejemplo, mientras la vega de Tres Quebradas presenta fragmentación y degradación, la vega de Clementillo conserva juncales y céspedes saludables pese a la sedimentación causada por crecidas, y la vega Hornillos exhibe erosión avanzada con pérdida sustancial de cobertura verde.
Este análisis detallado, incluido en el Plan de Gestión, proporciona un diagnóstico para orientar futuras acciones de restauración y monitoreo. El estudio contiene además un desglose específico de la cobertura vegetal, la riqueza por especie y las condiciones superficiales del suelo en cada humedal evaluado, así como un registro de las observaciones de fauna que habita estos ecosistemas.